而在这个飞行过程中，神舟12号宇航飞船需要进行姿态的调整以及制动操作，把轨道舱分离掉。因为在轨道舱里面有一些宇航员在生活过程中留下的废弃物和一些已经没有用的东西，这些东西是不需要带回地球的。在把轨道舱抛弃以后，整个飞船需要调整姿态90度，让飞船的发动机面向需要前进的方向，给飞船提供一个动力，最终让飞船进入到一个滑行轨道向地面进行飞行，然后才能返回地球。
除此以外，神舟12号宇航飞船回到地球还需要经过大气层的考验。飞船的返回舱在进入大气层以后要抛弃掉飞船后端的推进舱，因为推进舱本身并不隔热，里面的发动机有可能会在高温的情况下出现故障。神舟12号宇航飞船的返回舱的设计理念，是利用返回舱中的隔热材料与大气层进行摩擦，这样就可以在飞行的过程中把产生的速度以及动能最终转化成热能。返回舱的运转逻辑是通过大气层来进行返回舱的减速，但是这需要返回舱拥有着极高的耐热性，才能够承受在摩擦中所出现的极高温度。所以返回舱返回地球是一个非常危险的行动，一时不慎就有可能会出现事故。前苏联和美国的宇航飞船，也曾经因为返回舱出现故障而出现严重的航天事故。
不过，值得骄傲的是，我国之前的11艘神舟飞船都安全返回了地球，并未出现故障。再加上本次的神舟12号飞船是载人航天飞船，返回舱的设计水平更是比以往的设计水平有所提高，所以三名英雄宇航员最终成功地回到了地面。
而神舟12号的成功，和地面工作人员的努力也有直接关系。为了能够迎接这些宇航员回到祖国过中秋节，地面指挥所进行了大量的装备调研工作，比如说把着陆场从原先的四子王旗着陆场，改到了当前的东风着陆场。
原先的东风着陆场是一个备用着陆场，但是因为它靠近酒泉卫星发射中心，这里还部署有全国范围内唯一一支专业的搜索团队，可以为返回舱以及宇航员提供更好的安全保障。并且北斗卫星系统也在本次神舟12号飞船返回地球的任务中，发挥出了重要作用。
我国的北斗卫星系统已经投入到了正式运营中，所以本次的神舟12号飞船的返回控制系统采用的是预测制导的方式，这要比以往神舟飞船返回地球的控制系统更加先进。而神舟飞船本身使用的也是北斗的信号来进行实时定位的，神舟12号上所搭载的电子系统可以在返回地球的过程中观测返回舱的落点，并且依照北斗卫星系统所提供的地理数据，在飞船偏离轨道的时候进行修正，所以神舟十二号飞船返回舱的落点精确度很明显会提高，这也是神舟12号能够安全返乡的重要安全保障。
